به گزارش پایگاه اطلاع رسانی شیعیان به نقل از حج، در سال ۶۵۴ هجری؛ یعنی سه سال پیش از سقوط عباسیان، مسجدالنبی آتش گرفت و صدمات زیادی بر آن وارد شد. از جمله، موجب فرو ریختن سقف و دیوارهاى آن شد.

خلیفه عباسی نتوانست آن را بازسازی کند؛ زیرا به دست مغولان ساقط شد؛ اما ممالیک مصر معمارانی را برای بازسازی آن فرستادند.

ملک اشرف قایتبای از کسانی بود که برای ترمیم و توسعه مسجد النبی (صلّی الله علیه وآله) تلاش زیادی کرد. آنان افزون بر دو نوبت بازسازی پس از آتش سوزی، محدوده وسیعی به حجره شریف پیامبر (صلّی الله علیه وآله) افزود و پیرامون آن را با نرده و یا شبکه محصور کرد.

او همچنین با قرار دادن پایه‌های ستون‌ها در داخل حجره، گنبدی را بر مقبره مطهّر پیامبر (صلّی الله علیه وآله) بنا کرد که بعدها سلطان محمود عثمانی گنبد خضراء را بر آن نهاد.

توسعه مسجد در این دوران، از سمت شرق حدود ۱۲۰ مترمربع بوده است؛ در دوران آنان مساحت مسجدالنبی (صلّی الله علیه وآله) را به ۹۵۲۰ مترمربع رسانید.